Новый атлас генетических функций отображает сложности иммунной системы и иммунных заболеваний - Деловая Газета Ленинградской области

Японские исследователи составили первую в своем роде генетическую базу данных по аутоиммунным и аутовоспалительным заболеваниям. Этот ресурс позволит экспертам глубже понять, как развиваются иммунные нарушения, и спланировать будущие проекты по открытию лекарств. Ученые также надеются, что этот атлас данных о геноме, связанном с иммунитетом, в конечном итоге может быть применен для расследования инфекционных заболеваний, таких как COVID-19.

«Чтобы понять болезни, необходимо глубокое понимание функции генетических вариантов. С помощью этого набора данных мы можем связать данные об изменениях в последовательности ДНК, связанных с заболеванием, с генами и типами клеток, которые важны для патогенеза болезни», – сказал Научный сотрудник проекта Токийского университета Минето Ота, доктор медицинских наук, клинический ревматолог и эксперт в области функциональной геномики. Ота – ведущий автор исследования, недавно опубликованного в Cell . Проект был реализован при участии сотрудников исследовательского института RIKEN и Chugai Pharmaceutical Co., Ltd.

Многие предыдущие исследовательские проекты сравнивали полные последовательности генома пациентов с медицинским диагнозом и здоровых людей. Любые варианты последовательности ДНК, идентифицированные в этих общегеномных ассоциативных исследованиях, затем считаются «связанными» с заболеванием.

Многие варианты, выявленные в ассоциативных исследованиях, находятся не в генах, основных единицах наследственности, а скорее в частях ДНК, которые регулируют “включенную” или “выключенную” экспрессию генов. Большая часть генома человека – это не гены, а это регуляторная ДНК. Эксперты могут знать, что часть ДНК участвует в регуляции генов, но не понимать точно, как и что она делает, или даже какие гены регулирует.

Чтобы раскрыть функцию регуляторной ДНК, другой тип исследования генома, называемый анализом локусов количественных признаков экспрессии (eQTL), пытается связать различия в последовательности ДНК с различиями в экспрессии генов. С данными eQTL исследователи могут делать более обоснованные предположения о назначении регуляторных последовательностей ДНК, о том, как варианты регуляторной последовательности могут влиять на экспрессию генов, которые они регулируют, и как эти различия в экспрессии генов вызывают заболевание.

Были выполнены и другие иммунно-ориентированные исследования eQTL, но предыдущие исследования включали только здоровых добровольцев и исследовали ограниченное количество типов клеток.

«Воспалительные состояния создают очень разные физические характеристики иммунных клеток по сравнению с теми же клетками в здоровом состоянии. Генетические варианты, связанные с иммунными состояниями, могут функционировать только в болезненном состоянии, поэтому для этого типа генетического исследования было очень важно получить образцы от реальных пациентов “, – сказал Ота.

Исследовательская группа секвенировала полные геномы 79 здоровых добровольцев и 337 пациентов с диагнозом любой из 10 различных категорий иммуноопосредованных заболеваний, включая ревматоидный артрит, системную красную волчанку и системный склероз. Все добровольцы имели японское происхождение.

Понимание иммуноопосредованных заболеваний является сложной задачей, потому что, хотя каждое заболевание клинически отличается, существует много совпадений, и пациенты с одним и тем же диагнозом могут проявлять очень разные симптомы.

от elenan27

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *