Новый метод картирования выявляет эпигенетические движущие силы рака - Недвижимость, новости недвижимости России

Новый метод картирования выявляет эпигенетические движущие силы рака

Ученые добились значительных успехов в понимании и разработке методов лечения многих видов рака, выявив генетические мутации, которые вызывают болезнь. Теперь команда исследователей из Weill Cornell Medicine, NewYork-Presbyterian и New York Genome Centre (NYGC) разработала метод машинного обучения для обнаружения других модификаций ДНК, которые имеют аналогичный эффект.

Исследование, опубликованное 10 мая в Cancer Discovery , журнале Американской ассоциации исследований рака, фокусируется на химическом изменении ДНК, называемом метилированием, которое обычно заставляет замолчать близлежащие гены. Новый метод может анализировать тысячи изменений метилирования ДНК, обнаруженных в опухолевых клетках, и делать выводы, какие из них, вероятно, вызывают рост опухоли.

Метилирование – это «эпигенетический» процесс, который обычно регулирует активность генов по всему геному, изменяя структуру ДНК без изменения информации, содержащейся в генах. Однако иногда чрезмерное метилирование, называемое гиперметилированием, происходит рядом с геном-супрессором опухоли, подавляя этот ген и помогая запускать или управлять неконтролируемым делением клеток рака .

«Если мы сможем профилировать большое количество опухолей с помощью подобных методов, мы сможем составить карту эпигенетических изменений, которые способствуют росту опухоли при определенных формах рака», – сказал старший автор доктор Дэн Ландау, доцент медицины в отделе гематологии. и Медицинская онкология, а также член онкологического центра Сандры и Эдварда Мейеров в Weill Cornell Medicine. «Тогда мы сможем использовать эту информацию для улучшения нашего понимания происхождения рака, а также для оптимизации лечения отдельных пациентов».

Проблема, которую решает новая методика, аналогична той, с которой исследователи рака столкнулись в связи с мутациями ДНК: как отличить «драйверные» мутации от более распространенных «пассажирских» мутаций, не влияющих на рак. Хотя в настоящее время существуют изощренные методы различения генетических мутаций , методы отличия изменений метилирования драйверов от изменений метилирования пассажиров далеко не так сложны, сказал д-р Ландау, который также является одним из основных членов NYGC и онкологом в Нью-Йорке. -Пресвитерианский / Медицинский центр Weill Cornell.

Новый алгоритм , разработанный командой доктора Ландау называется MethSig. Он использует доступную информацию, такую ​​как фоновая скорость метилирования в определенной области генома, чтобы оценить, когда данное изменение метилирования может быть причиной рака.

Исследователи применили алгоритм к картам метилирования ДНК из разных типов опухолей и обнаружили, что он выводит небольшое количество событий, вызывающих рак, в среднем около дюжины или около того в каждой опухоли, по сравнению с тысячами изменений метилирования пассажира. Паттерны предполагаемого метилирования драйвера были одинаковыми для разных пациентов и типов опухолей, а также другие статистические характеристики, предполагающие нерастущее повышение производительности алгоритма по сравнению с существующими методами.

Ссылка на основную публикацию